L'A40 permet l'accès à Genève et à la vallée de l'Arve (Chamonix notamment) depuis Paris, le nord et l'est de la France. A partir de pont-d'Ain, elle récupère le trafic issu de Lyon par l'A42. Elle permet également le transit vers l'Italie via le tunnel du Mont-Blanc.

Au départ de Mâcon, l'A40 se déroule dans la plaine de la Bresse. A Bourg-en-Bresse, elle s'oriente au sud pour éviter les premiers contreforts jurassiens (le Revermont).
Après Pont-d'Ain (bifur A42), l'ascension débute en direction du col de Ceignes (646m). L'Ain est franchi par un grand viaduc. Après le col, l'A40 redescend sur la vallée de l'Oignin, avant de remonter et de pénétrer dans le tunnel de la Chamoise (3300m).
Le parcours qui suit, établi à flanc de coteeaux, est une succession de viaducs ponctuée de deux tunnels, au-dessus d'une cluse étroite.
Le paysage s'ouvre de nouveau à Bellegarde, où le Rhône est franchi par un imposant viaduc. Une nouvelle ascension mène l'A40 aux pieds de la montagne du Vuache, traversée par un tunnel de 1390m. L'A40 redescend ensuite sur le bassin Genevois en passant aux pieds du Mont-Salève, qui domine Genève.
Après l'échangeur de l'A411, l'A40 est coincée entre le Salève et l'Arve, tout près d'Annemasse. L'A40 remontera maintenant la vallée de l'Arve en traversant cette rivière à plusieurs reprises. La vallée est bordée à gauche par le massif du Chablais, à droite par celui des Aravis. L'A40 dessert Bonneville, puis Cluses. Ici, la vallée se resserre jusqu'à Sallanches, où apparaît le "toit de l'Europe". L'A40 se termine par la N205, qui la mènera jusqu'à Chamonix.

A6 - Bourg-en-Bresse nord (ech n°5) : 1987
Bourg-en-Bresse nord (ech n°5) - Bourg-en-Bresse sud (ech n°6) : 1985
Bourg-en-Bresse sud (ech n°6)- Nantua (ech n°9) : 1986
Nantua (ech n°9) - Châtillon-de-Michaille : 1989
Châtillon-de-Michaille (échangeur provisoire sur la N84) - Annemasse (A411) : 1982
Annemasse (A411) - Bonneville (ech n°16) : 1973
Bonneville (ech n°16) - Cluses (ech n°19) : 1974
Cluses (ech n°19) - Sallanches (ech n°20) : 1975
Sallanches (ech n°20)- Le Fayet (N205) : 1976

-Doublement du viaduc des Egratz et aménagement en Voie Express (ou autoroute A40 ?) jusqu'aux Houches : en projet.